甜瓜EST_SSR位点信息及标记开发

园 艺 学 报 2009,36(4):513-520

A c t aH o r t i c u l t u r a e S i n i c a

甜瓜E S T-S S R位点信息及标记开发

胡建斌,李建吾*

(河南农业大学园艺学院,郑州450002)

摘 要:对G e n B a n k中35547条甜瓜E S T进行净化处理,得到总长度为2.5×107b p的无冗余E S T 34408条。从这些序列中发现2877个S S R,分布于2119条E S T中,出现频率为8.36%,分布密度为

1/8.72k b。单碱基、二碱基和三碱基重复是主导重复类型,分别占E S T-S S R总数的16.61%、22.49%和

46.09%。A/T、A G/C T和A A G/C T T分别是单碱基、二碱基和三碱基的优势重复基元,分别占15.88%、

16.02%和28.61%。在所有的E S T-S S R中,69.10%的重复次数为4~10次,51.34%的长度为12~20b p。

设计了30对E S T-S S R引物,分别对33份甜瓜自交系进行了P C R扩增,24对引物能够扩增出期望长度的条

带,22对引物产物表现多态性,平均每对引物能检测到2.73个等位基因。这些引物能比较准确地将甜瓜

材料聚为不同类别。24对引物中,有19对、16对和15对分别在黄瓜、西瓜和葫芦中通用。以上结果说

明,从甜瓜E S T中开发S S R标记是一条简便、可行的途径。

关键词:甜瓜;E S T-S S R;信息;标记

中图分类号:S652  文献标识码:A  文章编号:0513-353X(2009)04-0513-08

I n f o r m a t i o n o nE S T-S S R L o c i i nMe l o n(C u c u m i s m e l oL.)a n dM a r k e r E x p l o i t a t i o n

H UJ i a n-b i n a n d L I J i a n-w u*

(C o l l e g e o f H o r t i c u l t u r e,H e n a nA g r i c u l t u r a l U n i v e r s i t y,Z h e n g z h o u450002,C h i n a)

A b s t r a c t:At o t a l o f35547m e l o n E S T s w e r e d o w n l o a d e d f r o mG e n

B a n k(h t t p:∥w w w.n c b i.n l m.n i h.g o v) a n d c l e a n e d r e s u l t i n g i n p r o d u c t i o n o f34408n o n-r e d u n d a n t E S T s w i t h a t o t a l l e n g t h o f2.5×107b p.F r o m t h e s e s e q u e n c e s,2877S S R s w e r e s o u g h t o u t,d i s t r i b u t i n g i n2119E S T s.T h e f r e q u e n c y o f t h e E S T-S S R s w a s8.36%a n d m e a n d i s t a n c e w a s8.72k b i n34408E S T s.M o n o n u c l e o t i d e,d i n u c l e o t i d e a n d t r i n u c l e o t i d e r e p e a t s w e r e m a j o r t y p e s,r e s p e c t i v e l y a c c o u n t i n gf o r16.61%,22.49%a n d46.09%.A/T,A G/

C Ta n d

A A G/C T Tw e r em o s t f r e q u e n t m o t i f si nm o n o n u c l e o t i d e,d i n u c l e o t i d ea n dt r i n u c l e o t i d e,a c c o u n t i n gf o r

15.88%,16.02%a n d28.61%,r e s p e c t i v e l y.T h e f r e q u e n c y o f t h e E S T-S S R s w i t h a r e p e a t n u m b e r o f4-10w a s69.10%a n d51.34%o f t h e mh a d a l e n g t h o f12-20b p.T h i r t y p r i m e r p a i r s w e r e d e s i g n e d f o r p a r t i a l E S T-S S R s a n d u s e d f o r P C Ra m p l i f i c a t i o n o f33m e l o ni n b r e d l i n e s.A m o n g t h e p r i m e r p a i r s,24p a i r s g a v e d i s t i n c t b a n d s w i t h e x p e c t e dl e n g t ha n d22p a i r s g e n e r a t e dp o l y m o r p h i c b a n d s w i t h2.73a l l e l e s p e r p r i m e r p a i r.W i t h t h e p r i m e r s,m e l o n m a t e r i a l s c o u l db e e x a c t l y d i v i d e d i n t o d i f f e r e n t g r o u p s,w h i c h a c c o r d e d w i t h t h e a c t u a l s i t u a t i o n o f t h e m a t e r i a l s.A m o n g t h e24p r i m e r p a i r s,19p a i r s c o u l d b e t r a n s f e r a b l e t o c u c u m b e r a n d16p a i r s t o w a t e r m e l o n a n d15p a i r s t o g o u r d.A l l t h e s e r e s u l t s i n d i c a t e d t h a t e x p l o i t a t i o n o f S S Rm a r k e r s f r o mm e l o n E S T s w a s c o n v e n i e n t a n d p r a c t i c a b l e.

K e y w o r d s:m e l o n;C u c u m i s m e l o L.;E S T-S S R;i n f o r m a t i o n;m a r k e r

随着植物基因组学研究的不断深入和c D N A大规模测序的展开,产生了数量庞大的E S T(e x p r e s-

收稿日期:2008-10-22;修回日期:2009-03-19

基金项目:国家`863'计划项目(2007A A10Z100);河南农业大学博士启动基金项目(30400247)

*通讯作者A u t h o r f o r c o r r e s p o n d e n c e(E-m a i l:L i j w555@s o h u.c o m)

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